continuação...

Os verdadeiros objetivos de Itachi foram revelados, bem como um dos segredos mais obscuros do clã Uchiha. Uchiha Madara, Fundador do Clã Uchiha, conseguiu um tremendo poder, o Fumetsu Mangenkyou Sharigan. Magenkyou Sharingan é um Doujutsu que, utilizado com grande frequência, leva o usuário a perder gradativamente a visão, deixando-o cego. Madara descobriu o quão terrivel é esse caminho quando perdeu sua visão. Sem outra opcão ele foi obrigado a tentar a unica saida possivel: roubar os olhos do seu proprio irmão pra conseguir os poderes do Fumetsu Magenkyou Sharigan. Este é o verdadeiro motivo pelo qual Itachi deixa Sasuke vivo quando exterminou o Clã Uchiha inteiro, para poder conseguir o Mangekyou Sharigan permanente, podendo, assim se tornar o verdadeiro Uchiha, o mais poderoso. Para se tornar mais poderoso até que o seu tutor, (que nas palavras de Itachi, virou meramente uma sombra do grande ninja que um dia ele foi) Uchiha Madara. Quando a luta entre o Uchiha Itachi e o Uchiha Sasuke se aproxima do fim , Uchiha Itachi quase fica completamente cego, tendo que recorrer a sua técnica suprema Susanoo. Mas a falta de Chakra de Uchiha Sasuke faz com que Orochimaru pudesse sair do corpo de Uchiha Sasuke e então uma Cobra de Oito Cabeças sai de dentro de Uchiha Sasuke. Porém não foi o suficiente para derrotar Uchiha Itachi, que derrota Orochimaru com um ítem místico do Susanoo a Espada de Totsuka. Uchiha Sasuke vendo que nenhum de seus ataques atigem Uchiha Itachi, que não precisa desviar devido a outro ítem místico o Espelho de Yata, recua até uma parede onde fica encurralado, e atônito assiste Uchiha Itachi estendendo sua mão seus olhos, Uchiha Itachi diz algo impossível de se compreender e toca com os dedos na testa do irmão caçula, como fazia na época que eram pequenos (com esse ato Uchiha Itachi implanta vestígios de seu Mangekyou Sharingan, mais especificamente Amaterasu, em Sasuke). O Mangekyou Sharigan só dispertaria quando Uchiha Sasuke olhasse para o Sharingan de Uchiha Madara/Tobi, com o obetivo de proteger Uchiha Sasuke de Uchiha Madara/Tobi, liberando o Amaterasu. Após isso Uchiha Itachi repentinamente cai ao chão. Uchiha Sasuke, ainda surpreso com sua "vitória", após um sorriso, cai ao lado do seu irmão. Depois disso, Zetsu revela uma dúvida: Uchiha Itachi não lutou com sua verdadeira força e velocidade contra seu irmão, Uchiha Sasuke, por algum motivo que é mostrado alguns capítulos a frente, Uchiha Itachi não queria machucar seu irmão. Uchiha Madara/Tobi vai em direção a Uchiha Sasuke e revela "...Pelo bem do mundo shinobi de Konoha, e acima de tudo, pelo bem do seu irmão mais novo... Ele arriscou tudo..."Também há boatos de que isso é o motivo dele não ter arrancado os olhos do irmão(no dia do massacre do clã). No capítulo 398 foi revelado, por Uchiha Madara, que a chacina relizada por Uchiha Itachi, ocorreu sob ordens de Konoha, e que somente quatro pessoas sabiam a verdade sobre Uchiha Itachi: Sandaime Hokage, o líder da ANBU, Danzou, e os dois conselheiros Homoru e Kaharu, porém Uchiha Madara também sabe a verdade. No capitulo 399 do mangá é revelado que Itachi foi designado como espião do alto escalão de Konoha, tendo a missão de conter um possível Golpe de Estado arquitetado pelo clã Uchiha. Porém descobri-se que a trama do golpe foi iniciada por Uchiha Fugaku (pai de Sasuke e Itachi) e Itachi trabalhou como agente duplo, pois observava os passos tanto do chefes da vila com o dos membros da rebelião organizada pelo os Uchihas. Porém como Itachi detestava guerras e viu que o seu clã apenas almejava poder, ele serviu como apoiador de Konoha e sabendo da existência de Mandara, pediu a sua ajuda para a destruição do clã. Então naquela noite ele exterminou seu clã, porém não teve a coragem de acabar com a vida de seu irmão e pediu a Saturobi que nunca conta-se a verdade para seu irmão e que se Danzou junto com os conselheiros tentasse algo contra a vida de Sasuke ele diria para o mundo shinobi a verdadeira história para as outras vilas. Então Itachi caiu no mundo como o indigno que matou todos da sua vila, sendo que depois disso ele viveu apenas com um objetivo de morrer nas mãos do seu irmão e torná-lo mais forte com a sua morte. No manga 400 de Naruto Uchiha Madara seria contada a verdadeira história de Itachi, e os motivos de ele devastar seu clã.Os membros do Clã Uchiha colocaram Itachi como espião na ANBU, mas Itachi se tornou um "agente duplo" espionando o Clã Uchiha para Konoha, isso por que ele presenciou a terceira grande guerra ninja com 4 anos, se tornando uma pessoa pacífica, que queria proteger a vila e seu país acima de tudo. Sabendo que uma rebelião dos Uchihas não causaria problemas apenas em Konoha, mas em todo o Pais do fogo o que permitiria a invasão de outras vilas podendo trazer uma quarta grande guerra ninja, decidiu aceitar a missão de Konoha que consistia em destruir todo seu clã. Uchiha Madara, que desejava vingança contra o clã Uchiha e Konoha, estava lá em segredo, e foi sentido por Itachi, com quem fez um trato. Ele conseguiria sua vingança contra os Uchihas que o trairam, que lhe viraram as costas quando este era seu líder, e em troca ele não atacaria Konoha. Ele aceitou e os dois se prepararam. O hokage da época, o Terceiro, não concordou, e tentou uma conciliação com os Uchihas, mas os conselheiros e Danzou foram contra, e de qualquer forma já era tarde demais. O clã foi massacrado por Itachi e Madara. Entretanto, Itachi não matou seu irmão mais novo Uchiha Sasuke e mentiu para ele sobre o ocorrido, afim de que este se tornasse forte com sua raiva pelo irmão, e mantivesse a honra do clã ficando suficientemente forte para demonstrar o poder dos uchiha. Itachi então implora ao Terceiro para mantê-lo longe de Danzou e que não revelasse a verdade à Sasuke. Após isso, partiu da vila, se tornando um ninja fugitivo (o que era parte da plano). Enfim, ele ameaça Danzou, dizendo que caso ele fizesse algo com Sasuke, ele revelaria tudo que sabia sobre Konoha para os outros paises, fragilizando com isso a vila. Desde que sai de Konoha, Itachi já tem planejado que quem o iria matar seria Sasuke, para que este libertasse seu poder oculto.